以次世代定序進行遺傳基因檢測，利用已知變異的參考物質，計算可偵測範圍中的每種變異的準確度，整理檢測結果如圖所示。下列計算何者正確？

本題觀念：

此題核心在於從混淆矩陣(confusion matrix)推導各種診斷測試性能指標，包括敏感度(sensitivity)、特異度(specificity)、陽性預測值(PPV)、陰性預測值(NPV)、偽陽性率(FPR)、偽陰性率(FNR)以及正向/負向一致率(PPA/NPA)。題幹額外加入「無偵測(no calls)」欄位，考生須理解何者納入分母、何者排除，才能正確套用公式。

影像分析：

表格各象限含義如下

• 真陽性(TP)=A：檢測陽性且參考試驗陽性
• 假陽性(FP)=B：檢測陽性但參考試驗陰性
• 假陰性(FN)=C：檢測陰性但參考試驗陽性
• 真陰性(TN)=D：檢測陰性且參考試驗陰性
• 無效偵測對陽性參考=E，對陰性參考=F
• 各行列合計亦標示於表格，總樣本數 N=A+B+C+D+E+F

此混淆矩陣特別加入「無偵測／無效偵測」類別，提示有些指標計算時需排除此類結果。

選項分析

• 選項A 陽性一致率： A/(A+C+E)
  PPA(Positive Percent Agreement)標準公式為A/(A+C)，排除無效呼叫(E) (ncss.com)。此選項誤將E納入，計算錯誤。

• 選項B 陽性預測值： A/(A+C)
  PPV(Positive Predictive Value)=A/(A+B) (nejm.org)。此選項將C(FN)誤置於分母，錯誤。

• 選項C 偽陰性率： 1−[A/(A+C)]
  FNR(False Negative Rate)=FN/(TP+FN)=C/(A+C)=1−sensitivity=1−A/(A+C) (ncss.com)。公式正確。

• 選項D 偽陽性率： 1−[D/(B+D+F)]
  FPR(False Positive Rate)=FP/(FP+TN)=B/(B+D)=1−specificity=1−D/(B+D) (nejm.org)。此選項誤將F納入且計算的是負向預測值(NPV)的補數，並非FPR，故錯誤。

答案解析

偽陰性率定義為所有實際有病(參考陽性)中，檢測錯誤判為陰性的比例：C/(A+C)。等價於1−sensitivity(1−A/(A+C))。選項C唯一符合此標準公式，其餘選項非以正確分母計算或將無效呼叫納入、導致計算結果不符定義。

核心知識點

• 混淆矩陣六要素：A(TP)、B(FP)、C(FN)、D(TN)、E/F(無效呼叫)
• Sensitivity(True Positive Rate)=A/(A+C)
• Specificity(True Negative Rate)=D/(B+D)
• PPV=Positive Predictive Value=A/(A+B)
• NPV=Negative Predictive Value=D/(C+D)
• False Positive Rate=FP/(FP+TN)=B/(B+D)=1−specificity
• False Negative Rate=FN/(TP+FN)=C/(A+C)=1−sensitivity
• PPA/​NPA計算時通常排除無效呼叫

臨床重要性

正確掌握這些測試性能指標，是評估次世代定序等高階檢測方法可靠度的基礎。公式套用若有誤，將直接影響對檢測靈敏度與特異度的判斷，進而可能誤導基因變異偵測結果的臨床解讀與後續病人管理。