以基因定序法進行 16S rRNA 基因序列比對之結果，若要達到菌種（ species）層級之鑑定，下列何者錯誤？

本題觀念：

此題探討利用 16S rRNA 基因序列比對進行細菌鑑定時，對於菌種（species）層級的鑑定準則，包括序列相似度門檻、比對長度需求、比對參考庫選擇，以及相似度分差判讀等。

選項分析

• 選項A
  敘述「大於95%序列相似度，才可判定為同種（species）」。此數值實為屬（genus）判別常用的下限門檻，若要達到 species 層級，需更高的相似度（一般採用 ≥99%），因而本選項錯誤。(pmc.ncbi.nlm.nih.gov)

• 選項B
  敘述「若序列比對結果最高及第二高相似菌種序列，彼此相似度的差異性小於0.5%，則應使用其他試驗進行菌種之確認」。符合 CLSI MM18 對 species 層級鑑定的解讀準則：需要最高相似度 ≥99%，且與次高相似度至少相差 0.5%，否則需輔以其他方法確認，故此選項正確。(pmc.ncbi.nlm.nih.gov)

• 選項C
  敘述「以標準參考菌株比對為最佳」。CLSI 與多數實驗室慣用策略皆建議優

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