承上題【下圖為次世代定序產出的序列比對結果，此為正股序列；若箭號處為發生基因變異的位點，則此位點產生了那種突變】，此基因變異的mutant allele frequency約是多少？

本題觀念：

本題核心考察次世代定序(NGS)中「變異等位基因頻率(mutant allele frequency, MAF 或 variant allele frequency, VAF)」的計算。所謂 VAF 即在某一基因座上，支持突變等位基因(reads supporting variant)的讀數與該位置總覆蓋深度(total reads)之比值。

影像分析：

從題中所示的NGS reads排列圖可見：

• 底部參考序列(reference seq)在箭號處為野生型鹼基「C」。
• 上方多列NGS reads在該列(column)出現兩種鹼基：灰色無陰影者與深灰色陰影者，分別代表野生型「C」與突變型「G」。
• 合計讀取列數約20條（圖中共20列reads）。
• 其中有8條呈現深灰陰影的「G」，其餘12條為「C」。

此即代表在此位點總覆蓋深度20×，而支持突變的讀數為8×。

選項分析

• 選項A 80%：若為80%，則需16/20 reads為變異，但圖中僅8條顯示G，故不符。
• 選項B 60%：即12/20 reads，但真實突變reads僅8條，故不符。
• 選項C 40%：即8/20 reads，與影像中突變(深灰為G)讀數完全對應，正確。
• 選項D 20%：即4/20 reads，遠小於實際8條，錯誤。

答案解析

VAF

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