以次世代定序（next-generation sequencing, NGS）進行實體腫瘤組織樣本突變檢測，並用桑格定序法（Sanger sequencing）進行確認；結果如圖所示：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ是四個單一核苷酸變異（single nucleotide variation,SNV）位點，下列那一個變異位點最有可能是種系突變（germline mutation）？

本題觀念：

判讀腫瘤組織次世代定序（NGS）結果時，利用樣本腫瘤細胞比例（tumor purity）與變異等位基因頻率（variant allele frequency, VAF）之間的關係，區分體細胞突變（somatic mutation）與種系突變（germline mutation）。

影像分析：

影像共包含四個SNV位點（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ）在Sanger定序（S）與NGS（N）的檢出情況，以及三組長條圖：

1. Reading depth（紅色）依序為：Ⅰ約10×、Ⅱ約100×、Ⅲ約1,000×、Ⅳ約10,000×。
2. Tumor content（腫瘤細胞比例，黃色）依序為Ⅰ約20％、Ⅱ約40％、Ⅲ約60％、Ⅳ約80％。
3. 突變等位比例（MAF，綠色）分別約：Ⅰ 10％、Ⅱ 50％、Ⅲ 30％、Ⅳ 5％。

從影像可見，每個位點的NGS深度、腫瘤含量與VAF皆有明顯差異，進一步用以判斷該變異是否存在於腫瘤細胞與/或正常細胞中。

選項分析

• 選項A（Ⅰ）：Tumor content 20％，若該SNV為異質性體細胞突變（heterozygous somatic），VAF≈腫瘤比例的一半，即約20％/2＝10％；影像中MAF約10％，吻合somatic突變預期，不符合germline突變（heterozygous ge

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