111年:(醫檢)檢驗(2)

針對單分子即時定序( single molecule real-time sequencing, SMRT )的敘述,下列何者最正確?

A單分子即時定序是所有高通量基因定序的設計原理
B單分子即時定序無須進行核糖核酸擴增,因此不需要使用 DNA 聚合酶
C相較於二代定序產出的讀長( reads ),單分子即時定序的讀長較長
D相較於二代定序,單分子即時定序較能準確測定基因產物的豐度( abundance )

詳細解析

本題觀念:

單分子即時定序(single molecule real-time sequencing, SMRT)屬第三代定序技術,利用零模波導(ZMW)微孔捕捉單分子DNA聚合酶於即時合成時釋放的螢光訊號,核心優勢包含超長讀長(long reads)、無PCR放大且低GC偏差、可直接偵測DNA修飾,但單次產出量(throughput)較二代定序少。

選項分析

  • 選項A:“單分子即時定序是所有高通量基因定序的設計原理”
    錯誤。高通量基因定序(高通量NGS)多數以橋式PCR(Illumina)或微滴PCR(Ion Torrent)為基礎,SMRT僅為其中第三代技術之一,非所有平台皆採ZMW單分子即時觀測原理 (genomebiology.biomedcentral.com)。

  • 選項B:“單分子即時定序無須進行核糖核酸擴增,因此不需要使用 DNA 聚合酶”
    錯誤。SMRT雖不需PCR放大即可定序DNA/RNA(cDNA)分子,但必須使用高度穩定的DNA polymerase於ZMW中催化合成,並觀測帶有螢光標籤的核苷進入活性位點時的螢光信號 ([link.s

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