115年:(醫檢)檢驗(1)
某實驗室近日擬提供抗癌藥物伴隨式基因檢測，下列何種檢測方法最不適用？
A高解析度熔離分析（ high-resolution melting analysis ）：拷貝數變異
B數位PCR（digital PCR）：單一核苷酸突變
C次世代定序（ next-generation sequencing ）：腫瘤基因突變檢測
D免疫組織化學染色（ immunohistochemistry ）：基因融合表現
詳細解析
本題觀念：
本題核心觀念在於**伴隨式診斷（Companion Diagnostics, CDx）**中各種分子檢測技術的「適用範圍」與「原理」。伴隨式診斷旨在檢測腫瘤特定的生物標記（Biomarker），以指導標靶藥物的使用。不同的基因變異類型（如單核苷酸突變、拷貝數變異、基因融合）需要對應最合適且靈敏的檢測方法。
選項分析
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A. 高解析度熔離分析（High-resolution melting analysis, HRM）：拷貝數變異（最不適用）
- 原理：HRM 是利用雙股 DNA 在加熱解離過程中，因序列不同（GC含量、長度、鹼基互補性）導致熔點（Tm）或熔離曲線形狀的微小差異來區分基因型。
- 適用性：HRM 主要用於偵測核酸序列的變異（如 SNPs、Indels）或甲基化分析。
- 不適用原因：**拷貝數變異（CNV）**是指基因數量的增加（Amplification）或減少（Deletion），通常不涉及擴增片段內的序列改變。標準的 HRM 分析會對螢光訊號進行「歸一化（Normalization）」，這會消除檢體間 DNA 總量的差異，導致難以直接定量拷貝數。雖然有研究開發改良式的 HRM 用於 CNV，但它絕非臨床常規或FDA核准的伴隨式診斷標準方法（CNV 的標準檢測法通常是 FISH、IHC（測蛋白過量）、NGS 或 qPCR）。
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B. 數位PCR（Digital PCR, dPCR）：單一核苷酸突變（適用）
- 原理：將樣品分割成數萬個微小反應單元，進行單分子擴增，最後統計陽性微滴數量進行絕對定量。
- 適用性：具有極高的靈敏度（可達 0.1% 或更低），非常適合檢測稀有突變（Rare mutations），特別是在液態切片（Liquid Biopsy）中檢測循環腫瘤 DNA（ctDNA）的單一核苷酸變異（SNVs）（如 EGFR T790M）。
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C. 次世代定序（Next-generation sequencing, NGS）：腫瘤基因突變檢測（適用）
- 原理：大規模平行定序，可同時分析數百個基因。
- 適用性：NGS 是目前最全面的檢測平台，能夠同時偵測點突變（SNVs）、小片段插入缺失（Indels）、拷貝數變異（CNV）以及基因融合（Fusion），廣泛應用於多基因的腫瘤圖譜分析（Tumor profiling）。
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D. 免疫組織化學染色（Immunohistochemistry, IHC）：基因融合表現（適用）
- 原理：利用抗體偵測組織切片中的特定蛋白質表現。
- 適用性：某些基因融合（如 ALK、ROS1、NTRK 融合）會導致其下游蛋白質的異常過度表現。因此，IHC 可作為偵測這些基因融合「表現產物」的快速篩檢或診斷工具。例如，臨床上常規使用 IHC 來篩檢或診斷非小細胞肺癌中的 ALK 基因融合（ALK 蛋白強陽性），此方法已獲 FDA 核准作為伴隨式診斷。
答案解析
答案為 A。 HRM 的核心能力在於區分「序列差異」，而非「數量差異」。標準 HRM 流程會將螢光強度歸一化，使得單純的拷貝數變化（CNV）難以被偵測。相比之下，dPCR 是偵測點突變的利器，NGS 是全能型工具，而 IHC 則是偵測基因融合所致蛋白表現的標準方法。因此，A 選項是其中最不適用的配對。
核心知識點
考生應掌握常見癌症生物標記對應的標準檢測方法（Methodology）：
- 單核苷酸突變（SNV）/ 小片段插入缺失（Indel）：
- qPCR / ARMS-PCR：特定已知突變（如 EGFR, KRAS, BRAF）。
- Digital PCR：高靈敏度，適合液態切片、監測抗藥性突變。
- NGS：高通量，同時檢測多個基因的多種突變。
- HRM：低成本篩檢已知/未知突變（但在伴隨式診斷中較少作為最終確診工具）。
- 拷貝數變異（CNV，如 HER2 擴增）：
- IHC：偵測蛋白質過度表現（初步篩檢，如 HER2 3+）。
- FISH / CISH：直接觀察細胞核內基因拷貝數（黃金標準）。
- NGS：可透過生物資訊演算法推算 CNV。
- 基因融合（Gene Fusion，如 ALK, ROS1）：
- IHC：偵測融合蛋白的異常表現（如 ALK Ventana D5F3）。
- FISH：偵測染色體斷裂或融合（黃金標準，如 Break-apart probe）。
- RT-PCR / NGS (RNA-seq)：偵測融合轉錄本（RNA層次）。